Proteínas homólogas são proteínas que derivam de um "ancestral comum". Podem estar presentes numa mesma espécies, tendo derivado por duplicação de genes no genoma de um organismo, por paralogia; ou em espécies diferentes, estando o ancestral comum da proteína presente na espécie ancestral comum às duas espécies.
Recursos sobre superfamílias de proteínas
Varias bases de dados biológicas documentam as superfamílias proteicas e enovelamentos proteicos; como por exemplo:
- Pfam - Base de dados de famílias proteicas de alinhamentos e de HMMs
- PROSITE - Base de dados de domínios de proteínas, famílias e sítios funcionais
- InterPro - SuperFamily Classification System
- PASS2 - Protein Alignment as Structural Superfamilies v2
- SUPERFAMILY - Biblioteca de HMMs que representa superfamílias e bases de dados de anotações (superfamílias e famílias) para todos os organismos totalmente sequenciados
- SCOP e CATH - Classificações de estruturas de proteínas em superfamílias, famílias e domínios
Igualmente, existe algoritmos que obtém no PDB proteínas com homologia estrutural com uma estrutura central dada; por exemplo:
- DALI - Alinhamento estrutural baseado num método de matriz de alinhamento de distância.
- «Química Nova - Protein homology modeling». Consultado em 9 de julho de 2010
