A estrutura primária é dada pela sequência de aminoácidos ao longo da cadeia polipeptídica. É o nível estrutural mais simples e mais importante, pois dele deriva todo o arranjo espacial da molécula. São específicas para cada proteína, sendo geralmente determinados geneticamente.
A estrutura primária da proteína resulta em uma longa cadeia de aminoácidos semelhante a um "colar de contas", com uma extremidade "amino terminal" e uma extremidade "carboxi terminal". Sua estrutura é somente a seqüência dos aminoácidos, sem se preocupar com a orientação espacial da molécula.
Notação
A sequência da proteína é normalmente notada como uma sequência de letras, listando os aminoácidos começando no terminal amino até o terminal carboxila. Um código de três letras ou um código de uma única letra pode ser usado para representar os 20 aminoácidos de ocorrência natural, bem como misturas ou aminoácidos ambíguos (semelhante à notação de ácido nucleico).
Os peptídeos podem ser sequenciados diretamente ou inferidos a partir de sequências de DNA. Agora existem grandes bancos de dados de sequências que agrupam sequências de proteínas conhecidas.
| Aminoácido | 3-Letras | 1-Letra |
|---|---|---|
| Alanina | Ala | A |
| Arginina | Arg | R |
| Asparagina | Asn | N |
| Aspartato | Asp | D |
| Cisteina | Cys | C |
| Glutamato | Glu | E |
| Glutamina | Gln | Q |
| Glicina | Gly | G |
| Histidina | His | H |
| Isoleucina | Ile | I |
| Leucina | Leu | L |
| Lisina | Lys | K |
| Metionina | Met | M |
| Fenilalanina | Phe | F |
| Prolina | Pro | P |
| Serina | Ser | S |
| Treonina | Thr | T |
| Triptofano | Trp | W |
| Tirosina | Tyr | Y |
| Valina | Val | V |