Biocuradoria

Um biocurador (ou uma biocuradora) é um cientista que cura, recolhe, anota, e valida informações, que são então disponibilizadas na forma de bases de dados. O papel de um biocurador inlcui o controle de qualidade dos dados de pesquisa biológica destinados à publicação e, em outra etapa, a extração e organização de dados da literatura científica. Esse trabalho de curadoria é feito por meio de protocolos padronizados e vocabulários controlados que permitem ainteroperabilidade de banco de dados biológico. Os biocuradores se comunicam com pesquisadores para garantir que as informações selecionadas são precisas, e promovem a conexão de dados científicos de diferentes fontes.

Os biocuradores (também chamados de curadores científicos, curadores de dados ou anotadores) foram reconhecidos como os "catalogadores de museus da era da Internet".

Curadoria e anotação

Na anotação de genomas, por exemplo, os biocuradores geralmente trabalham com ontologias biomédicas : vocabulários estruturados e controlados que abrangem muitos domínios do conhecimento biológico e médico, como as Ontologias Biomédicas Abertas.

Os biocuradores, em linhas gerais, promovem as diretrizes de nomenclaturas de genes e participam dos comitês de nomenclatura gênicas de de organismos modelo, frequentemente em colaboração com o Comitê de Nomenclatura Gênica HUGO (HGNC). Eles também apoiam outras diretrizes de nomenclatura padronizadas, como as fornecidas pelo Comitê de Nomenclatura da União Internacional de Bioquímica e Biologia Molecular (IUBMB), como o número EC, utilizado para padronizar tipos diferentes de enzimas.

Sociedade Internacional de Biocuração (ISB)

A Sociedade Internacional de Biocuração (ISB) foi fundada em 2008; a organização sem fins lucrativos "promove o campo da biocuração e oferece um fórum para troca de informações por meio de reuniões e workshops". A sociedade possui encontros anuais para a comunidade de biocuradores.

Sobreposição com Wikipédia

Há alguma sobreposição entre o trabalho dos biocuradores e a Wikipédia, com as fronteiras entre bancos de dados científicos e os dados na Wikipédia cada vez menos distinguíveis. Bancos de dados como o Rfam e o Protein Data Bank por exemplo, fazem usam a Wikipédia e seus editores para seleção de informações informações. No entanto, a maioria dos bancos de dados oferece dados estruturados que podem ser pesquisados por programação. Isso não é possível de forma simples na Wikipédia. O desenvolvimento do projeto Wikidata, que visa estruturar o conhecimento da Wikipédia, tende a tornar os projetos de biocuradoria e os projetos Wikimedia cada vez mais interligados.

Curadoria auxiliada por mineração de texto

Há um interesse recente na exploração de tecnologias de processamento de linguagem natural e mineração de texto para permitir uma extração sistemática de informações para subsequente curadoria manual. O uso de técnicas de mineração de texto para vários estágios da curadoria, desde a detecção inicial de artigos relevantes (triagem) até a extração de anotações e relacionamentos de entidades, é parte de diversos sistemas especializados.

Curadoria da comunidade vs. especialistas

A Curadoria da Comunidade aproveita a inteligência da comunidade na curadoria do conhecimento, e é uma promessa para lidar com o grande fluxo de conhecimento biológico. A curadoria por comunidades é exemplificada em projetos do tipo wiki, como bio-wikis.

Para aumentar a curadoria da comunidade em bio-wikis, o AuthorReward, uma extensão do MediaWiki foi desenvolvidoa para recompensar os esforços de comunidade na curadoria de conhecimento. O AuthorReward fornece às bio-wikis uma métrica de autoria; quantifica as contribuições dos pesquisadores, considerando adequadamente a quantidade e a qualidade da edição e produz autoria explícita e automática de acordo com suas contribuições quantitativas.

O RiceWiki, um banco de dados baseado em wiki para curadoria comunitária de genes do arroz, é uma demonstração viva equipada com o AuthorReward, disponível em http://ricewiki.big.ac.cn/index.php/Os01g0883800 .

Ver também

• Bioinformática
• Bases de dados biológicas
• Curadoria digital